La gravedad del cuadro y el curso de la enfermedad son muy variables, desde la insuficiencia respiratoria aguda, que aparece en el nacimiento, a manifestaciones más moderadas que sólo se expresan en la edad adulta.
La evolución es diferente según el síndrome, también puede variar en una misma familia. La enfermedad puede evolucionar por brotes (episodios en los que se agrava tras un episodio de fiebre o estrés), ser progresiva, con escasa evolución, o mejorar con el tiempo.
Otro aspecto característico de todos los SMC, es que la debilidad muscular es muy variable e impredecible, en un mismo día un paciente puede pasar de encontrarse relativamente bien a empeorar drásticamente.